サンプルってどれっすかね？
試すのは大丈夫なんですが、描画スレッド(Java側)と演算スレッド（NDK側）みたいな感じす
スレッド跨いでEGLコンテキスト共有とか、知識あんまり無いです。。
Java側はGLSurfaceView使ってるので、単なるSurfaceViewに変えないとだめっすかね。。