修正版

do {
　var n = Math.floor(prompt(Number.MAX_SAFE_INTEGER　+ '以下の自然数を入力してください'));

　if (!n) {
　　alert('数値となる自然数を入力してください');
　} else if (n < 0) {
　　alert('負の数は指定できません');
　} else if (n > Number.MAX_SAFE_INTEGER) {
　　alert(Number.MAX_SAFE_INTEGER + '以上の数は指定できません');
　}
} while (!n || n < 0 || n > Number.MAX_SAFE_INTEGER);