createObjectStoreも単発で作るだけなら同じかもしれないが、それは試していない。
こちらの使い方では以下サンプルの通り、
createObjectStore直後にobjectStore.transaction.completeで書き込みを行っているので、
書き込み側では今のところ問題はない。

> 「データベースを構築する」からの抜粋
> var objectStore = db.createObjectStore("customers", { keyPath: "ssn" });
> objectStore.transaction.oncomplete = function(event) {
> }
> https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/API/IndexedDB_API/Using_IndexedDB#Opening_a_database

ちなみにcreateObjectStoreのtransactionは複数作成しても同一なので
(oncompleteは最後に1回呼ばれるだけ）
おそらくdeleteObjectStoreのトランザクションとも同一。
だからこれが見えれば問題は解決出来るはずなのだが、辿り方が分からない。
（というか仕様上抜けているように見える）