IndexedDBの容量制限は実質1/10*HDDね。
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/API/IndexedDB_API/Browser_storage_limits_and_eviction_criteria

多分FileSystemAPIには上限がない(HDDの上限だと信じている）

繰り返すが、今回は元々アーカイブ用途だからそもそもDBアクセスの必要はない。
（横断的クエリとか検索とかは全く必要ない）
ただ、機能的には上位互換だから動作に問題なければそれでもいい。それだけ。