どうしてこういう人は、ライブラリを作ろうとはしないんだろう。
ディレクトリ一覧を帰す関数、あるディレクトリのディレクトリとファイル一覧を帰す関数、ファイルを新規、取得、更新、削除する関数を作っときゃ、それらの下回りがindexedDBだろうがサーバ関数だろうが関係無く透過的に扱えんじゃねえの？
それこそ、内部実装無視してindexedDBに行ごとに入れようが、クソでかいオブジェクトとして入れようが、はたまたサーバに入れようが、ご希望の動きがすぐ書けると思うんだけど。