ファイルが保存できればそれでいい、って言う割には、階層が、とか、自分の実装に凝り固まり過ぎだろ。

ただのrdbでもindexedDBでも
フルパス|[パス,,]|ファイル名|拡張子|中身|更新日などの情報|
って形で保存すりゃなんとでもなるだろ、常識的に考えて。
パスは、
file://
file://home
file://home/xxxxx
file://home/xxxxx/yyyyy
の配列で持っといて。
あるパス以下の物→パスで絞れば一撃
あるファイル→ファイル名で一撃
あるパスのあるファイル名→フルパスで一撃
でカーソル取れんじゃん。
あとはよしなに処理すりゃいいんじゃねえの？その為のトランザクションなんだし。
ディレクトリごとにストア分けて、ディレクトリを削除するのに、トランザクション何個も張る羽目になるっしょ。