exeみたいな実行形式やそのOSで特別な意味を表すシステムファイル等として書き出されちゃまずいので実態は偽装される様になってる。
ゴミというか、実験的で気まぐれな機能。もう何年も更新されていない。
誰も使わない、でもブラウザ内部では使われている。別に広く使われることを期待されていない。
IndexedDBやCacheDBの存在で意義をなくしつつある。
柔軟に検索したいなら前者、そうでないのなら後者をどうぞ。

君が望むようなファイルシステムAPIなどがなかなか策定されないのは幾つか理由がある。
でも技術的要因は取り除かれてきた（例えばPermissions API、Web App Manifest）ので、
あとは需要と雛形とブラウザベンダーのやる気次第。

とはいえ今はCSSや他の比較的低レベルなAPIが盛り上がっていて注力してるから後回しだろう。
W3CのMLを見ても「いくつか議論の余地がある」レベルの関心だ。
今はまだアイディアを貯めている段階だろう。