http://blog.trendmicro.co.jp/archives/16735 読んだだけの
大雑把な理解だが、

カーネルのメモリを覗けるのがメルトダウン
同じコードを共有した他のプロセスのメモリを覗けるのがスペクター
だと思ってる

メルトダウンはカーネルのメモリを覗けるものだから
カーネルが覗かれないように対策できる

スペクターはアプリが覗かれないように対策する必要があるが
その必要があるのは、例えばブラウザのような同じブラウザ上で
別々の人が作った任意のコードを実行するようなものだから
攻撃の前提を満たすのが難しい