dllのロードに関して質問がございます。

---------- ディレクトリ構成 -------------------------------------------------------
[1]C:\AppDir\Main.exe 実行ファイル
[2]C:\AppDir\Parts.dll 実行ファイルから参照設定される

[3]C:\AppDir\SubDir1\Function.dll [1]の実行ファイルからAssembly.LoadFromで呼ばれる
[4]C:\AppDir\SubDir1\Parts.dll [3]から参照設定される

[5]C:\AppDir\SubDir2\Function.dll [1]の実行ファイルからAssembly.LoadFromで呼ばれる
[6]C:\AppDir\SubDir2\Parts.dll [5]から参照設定される
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[3]のdllと[5]のdllを実行ファイルで選択した内容によって切り替えてロードするのですが、
[4]と[6]のdllを参照せずに、実行ファイル起動時に自動でロードされる[2]のParts.dllを読み込みに行きます。

機能追加やデータ構造の変更に伴うメソッドの修正で[2]と[4]と[6]の内容が一致していない場合に、
MissingMemberExceptionが発生してしまいます。

[2]のParts.dll に修正が発生した段階で、[4]と[6]をビルドし直して配布する必要があり、
出来れば[2]のParts.dll の修正と切り離して管理したいと考えております。

既に実行ファイル起動時に[2]がロードされている状態で、
[3]をロードする場合は[4]を、[5]をロードする場合は[6]を参照するような方法はございますでしょうか?