あと、setting.gradleでincludeしたプロジェクトは空っぽのディレクトリでもいいみたい
依存関係が無いけどincludeされているプロジェクトの中身を空っぽにしてbuild.gradleをsyncしても、AndroidStudioは特にエラーとか出さなかなった
gradleの公式ドキュメントにも大丈夫そうなこと書いてあるけど、ホントに大丈夫かどうか自分で確認してみてください