GetThreadTimesが必ずしも正確な時間を返さない可能性もある
スレッドの切り替えは可能な限り超早業で行う必要があるので
細かな正確な時間など、二の次かもしれない

もっと長い時間のかかる処理(10秒とか)を走らせてみて
実時間とスレッド時間を比較してみては？
もしそれで上手くいくのなら、スレッド時間の精度の問題という
可能性が濃厚になる