もう一つの可能性として
timeGetTimeの方の精度があまりよくない可能性もある
>Windows NT：timeGetTime 関数の既定の精度は、マシンによっては 5 ミリ秒以上になる場合があります。
とMSDNにも書いてあるしな
君が最初に測ろうとしていた処理の時間は
>timeGetTime()の場合で9msec
であるから、timeGetTime の「デフォルト」の精度の「5ミリ秒以上になる」は無視できない誤差だね