新たな発見がありました。

スレッドのＣＰＵ時間が実時間よりだいぶ長くなるコードの時間測定ですが、
該当コードを2回実行するコードと3回実行するコードも計ってみました。
（いずれも500回平均です。）

1回
timeGetTime()による時間：7msec
カーネルモード時間：1060usec
ユーザモード時間：13540usec

2回
timeGetTime()による時間：14msec
カーネルモード時間：2246usec
ユーザモード時間：13291usec

3回
timeGetTime()による時間：21msec
カーネルモード時間：2527usec
ユーザモード時間：19468usec

このデータから、
timeGetTime()はかなり正確であり、
GetThreadTimes()が真値より随分大きな値を返していることが強く疑われます。

クロックの誤差は、通常は、クロック更新粒度に起因する誤差であり、
それは一様な分布であるため、平均処理で抑えられます。

しかし、明らかにプラス方向の誤差が生じており、
クロック精度とは別の何らかの原因があるはずなのですが、
現在、原因の特定に至っていません。