フォーカスはそれがあるウィンドウで処理できるようなUIを考えています。
ユーザーがメインウィンドウにフォーカスを（マウスなどで）移せば、
以降はそのウィンドウでキーボード操作ができればいいです。その逆も然り。

適宜メッセージを流すにしても、結局どこでメッセージループを回すかという
話になるのではと思うのですが、違うのでしょうか？