そしてフォルダにしちゃうとバージョン管理がしにくそう
ロールバックの仕組みが入れづらくないかい？
てか、.NetならAzureとVS組み合わせれば、同期がどうのとか細かいことは気にせず、めちゃ簡単に最新版をデプロイできるんじゃないの？