Dockerの典型的な利用例の一つは仮想マシン上でDockerコンテナを動かすこと
仮想マシンとDockerをごっちゃにしているやつはなんでそうするかを理解できない
目的が同じものなのになぜ2つのツールを同時に使うんだ？と思ってる

答えははっきりしてる。それこそ目的が違うものである証拠
Dockerを使うとアプリにそれを動かすのに必要なものがOS以外すべてバンドルされる。
それによってDockerさえ動いていれば、どこの環境にも同じDockerイメージを
持っていって使うことができる。この可搬性こそがDockerの目的

単純にVagrantを使うと特定のOS、ディストリ専用にVagrantfileを書かないといけなくなる
各OSでパッケージ名やデフォルト設定やパスなどが違ってるからだ。

そこで可搬性が高いDockerを併用すると、DockerのインストールまではOS、ディストリ依存に
なってしまうが、それ以降は全く同じ手順でDockerコンテナを起動することができる
Vagrantfileでいろいろ書く必要はないし、VagrantをAnsibleやChefと併用する必要もなくなる

もちろんVagrantを使わない環境、例えばAWSやGCPなどのクラウドでもあっても
今は直接Dockerイメージをサポートしてるのもあって、Dockerイメージを指定するだけでいい

Dockerは可搬性を高くするためのもの
仮想マシンはただのマシンでしか無いし、Vagrantは環境構築ツールでしかない
目的が全然違っている。