具体的な挙動は「MainActivity」が勝手に「MainActivity.kt」に変わった、です。
その理由を知りたくて質問しました。もっと書くとそのせいで

val intent = Intent(this, MainActivity::class.java)

IntentでMainActivityが赤くなって選択できなくなりました。以前にもあったんですよ。
結局1から作り直すハメになって、現在そのアプリは公開中です。

今回ちょっと手の込んだアプリを作っていて、やり直しはしたくないので質問しました。
不快にさせた方にはごめんなさい。