メニューのCode->Convert Java File to Kotlin Fileで、
MainActivity.java“ファイル”はkotlinに変換されてMainActivity.ktに名前が
変わるが、MainActivity“クラス”が勝手にMainActivity.ktクラスに変換され
ることはない。

あなた自身がファイル名とクラス名を混同して何か間違った操作をしてクラス
名が変わったとしか思えない。

とりあえず、Kotkinソース中の文字列"MainActivity.kt"を全て"MainActivity"
にしてみたら？