apt-get で入れる場合、そのubuntu(debian)でランタイム用として公式サポートされているものと
同じバージョンの開発キットがインストールされる

さらにapt-get でインストールできるのはモジュール単位なので、
QtGUI とかの基本以外のモジュールを使う場合は追加でインストールする必要がある

ぶっちゃけ面倒だし、Qt公式インストーラで別途インストールした方が管理も楽

ちなみにユーザー権限でインストールするとホームディレクトリにインストールされる
sudo 付けてインストーラを実行すればそのPC内のユーザーで共用できる(/opt/Qt とか)