Qt SDKのソースを見れば分かるけど、

TEMPLATE = subdirs

と書けばサブディレクトリにあるプロジェクトが全て１つのプロジェクトとしてまとめられる。

SUBDIRS 変数にプロジェクトを入れていく。
依存関係を設定してあげればビルド順も制御できる。