テストしてないけどこんな感じ。必要ならusebackqとかも。aaaaに&とか入るならsetでクオートする必要がある
for /f "tokens=2* delims= " %%a in (%inputFile%) do (
set ID=%%b
goto :NEXT
)
:NEXT
または
set /p fl=< %inputFile%
for /f "tokens=2* delims= " %%a in (%fl%) do set ID=%%b
または
for /f "tokens=2* delims= " %%a in ('findstr /b /c:"fileID" "%inputFile%"') do set ID=%%b