いまいち何がしたいのか不明な部分が多いが

$zero = array();
foreach ($allData as $k => $v) {
 if ($v['zeroOne'] === 0) {
  $zero[] = $v['id'];
 }
}

で'zeroOne'の値が0になってる'id'だけを収めた配列$zeroを作れば分かりやすいんじゃない?