rcスクリプト書いて、
service hogehoged start
で起動するようにしました。

スクリプト内で
php hogehoge.php --pidfile=/var/run/hogehoge.pid &
という風に起動しています。

pidfile は hogehoge.php 内部で getmypid() を保存しています。

kill はそのrcスクリプト内で stop 命令の時にやっています。

案の定、起動直後に [ OK ] が表示されませんが、不都合は無さそうなのでとりあえずこれで良しとしています。