ネット弁慶多すぎｗ
なんですぐ「〜しろ」と偉そうな口調になるんだろう。
もういいや、俺が答えちゃおう。

はっきり言うと、どちらが一般的かはわからない。
すべての開発者にアンケート取って聞いたわけでもないし、
世界中に転がってる入力フォームのソース調べて集計とったわけでもないから。
でも、どちらがより合理的かといえば、1ファイルで完結させる方。
たぶん質問者はフレームワークを使わずオブジェクト指向で書いてもいないみたいなので、
1ファイル完結の方が手間は少ないはず。
画面部分にしてもロジック部分にしても同じようなこと何度もやることになる。
だから、単純なphpで書く場合、ファイルわけちゃうと面倒なんだよね。
でもまあ、こんなこと考えるくらいならフレームワーク使った方が早いよ。
無駄なこと考えなくてよくなる。