PHP初心者です。
PHPの実行モデルがイマイチ分からないのですが、
これはイベントモデルではなくただのテンプレートエンジンで、
前回の結果(または鯖上でのコンテキスト)を引き継ぐことなく、
毎回毎回ゼロから構築する必要があるって認識で合っていますか?

具体的には、Webページ全体で使われるクラスやdefine()している場合、
それらを毎回includeする必要があるのでしょうか?(今のところそう見えます)

クライアントJavaScriptの場合はページ遷移がない限り一度構築した物は使えます。
Nodeは使ったことがないですが、多分同じです。
(これらはイベントモデルだからですが)
毎回毎回全構築となると、余分な構築を省かないと実行速度が気になります。
ドメイン全体で単一アプリを提供する場合は
PHPではなくNode等の方が向いているということなのでしょうか?

例えば、dbアクセス用にクラスを作った場合、
それぞれのWebページからはその全メソッドを使うことは通常あり得ません。
だからプログラム的に美しく一つのクラスに纏めるより、
フィールドを継承し、今使うメソッドだけの子クラスに無駄に分割した方が速いのか?とも思えます。
あるいはspl_autoload_register()した場合に、
名前参照だけではなくコンパイル済み状態で格納されるから速度上の問題はない、とかありますか?