header.php が単に、メニューバーなどを定義した、
部分テンプレート・パーシャルなのか、
それとも、HTML の<head>タグなのか？

<head>タグなら、body よりも、先に読み込まれるでしょ？
試しに、bodyの終了タグ直前で、読み込んでみれば？

もちろん、jQuery は、自分のコードよりも先に読み込まないと動かない