>>713-714
疑問は同類だと思うからまとめてレスするけど
Xamarin.Androidで吐かれた実行時のコードってJava(VM)レイヤーじゃなくNative(C/C++)レイヤーで動くわけじゃん？
そのレイヤーからJava APIを呼ぼうと思ったら、JNI経由してJava APIを呼ばざるを得ない
C#コード => .NET Runtime(C/C++) => C/C++ Android API(JNI) => Java Android API

public class MainActivity : Activity
って書いた時のC# Class "MainActivity"とJava Class "Activity"は直接連携してるんじゃなくて下からぐるっと回って連携してる理解

>>716
その記事のソース元だと思われるアーキテクチャ資料はこれかなぁ
https://developer.xamarin.com/guides/android/under_the_hood/architecture/

AndroidアプリケーションAPI(Java)の上に一部重なってXamarin.Android API(C#)がいるけど
MCWもACWもJNIを経由してるよって言ってるからまぁそういうことなんだろうな