自分で処理部分も書くんなら、処理中フラグ作って、処理の直前でtrueにして終わったらfalseにする。
GUI自動化の方はそのフラグ見てfalseならボタン押す処理を書く。
ってか、そう言う処理はコマンドの方が向いてるんだが。