Anaconda 64ビット版を、一般ユーザーでインストールすると、
環境変数PATHも書き換えるから、

端末から、python コマンドを入力すると、
AnacondaのPython3 が起動するようになり、
以前にインストールしていた、Python を呼び出せなくなる

つまり、python コマンドを、PC内から探す際、
環境変数PATHの順番で、起動するアプリを探すから、
同じコマンド名で、順番が後ろのものは起動できなくなる

例えば、コマンドプロンプトで、
where notepad
と打ち込むと、メモ帳を起動する、PATHの順番を表示する

試しに、PowerShell, PowerShell_ise で、以下を打ち込んでみ。
環境変数PATHは、; で区切る。
$env:Path.split(";")
(または、コマンドプロンプトで、path と打ち込む)

windows コマンド 検索順序
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc753427.aspx

環境変数PATHを書き換えずに、Anacondaをインストールするなら、
Anacondaの起動時に、明示的に起動したい、Pythonへのパスを与える

また、複数のPythonのバージョンを切り替えて使う、pyenv と言う仮想環境もある