Philip N. Kleinの『行列プログラマー』を読んでいて、はまっています。

M は行列を表わすクラスのインスタンスです。

M.D == (M.D[0], M.D[1])

M.D[0] は行列 M の行のインデックスです。
M.D[1] は行列 M の列のインデックスです。

M[i, j] で行 i、列 j の要素にアクセスできます。