pyautoguiを使った作業の自動化について教えてください。
以下の作業の自動化を試みています。

1.あるアプリケーションでファイルを読み込み、処理を行う
→2.（処理を終えるまで待つ）
→3.次のファイルで同じことをする（以下繰り返し）

2.の段階では現状、ファイルのサイズに合わせてsleep関数で調整していますが、
それだと、ちょっとした処理の遅れでタイミングが狂ってしまい、
以降の動作がうまくいかなくなる問題があります。

処理が終わって「クリックやキーボードなど、操作できるようになったよ」という
状態を認識する方法ってありますか。