fgets で行単位で読み込み
その行バッファに対して sscanf で変数に拾い上げするなり、1１文字ずずつ字句解析するなり

char buf[512];
int a;
while (fgets(buf, 512, stdin)) {
　/* 1行読んだよ */
　
if (sscanf(buf, "%d", &a) != 1) {
　　/* 数値じゃないのが来たのは無視する */
continue;
　}
/* a に値が格納されたよ */
:

}