ソースに書いてない変数を実行時に導入したいってのとは違うんでないか?
あらかじめ外部ファイルで値を設定できる変数は決まっていて、
要するにリソースファイルみたいな使い方をしたいのかも知れん。

fscanf(fp, "%s=%d\n", varname, &varval);
if (strcmp(varname, "width") == 0) {
　width = varval;
} else if (strcmp(varname, "height") == 0) {
　height = varval;
} else {
　fprintf(stderr, "cannot use variable '%s'\n", varname);
}

みたいな感じ?
この場で書いてるから洗練されてないし、動くか怪しいけど。