細胞レベルのボトムアップで理解しようとするから果てしなく感じてるんだろ
生物だって器官系(消化器系・循環器系・呼吸器系等)や臓器のレベルで把握すればいい
大きなシステムでも細胞レベルで理解することが重要な場合もあるにはあるけどな

少し大きなシステムになれば一人の人間がすべての詳細を把握するのは無理だけど
全体像や各サブシステムがどう連携してるかを把握するのはなんら難しくない
プログラミングじゃなく要件定義・機能設計・アーキテクチャ設計を勉強して抽象化思考を鍛えるといいと思う