go generateは以下を見る限り追記だけかな？
https://blog.golang.org/generate
https://techblog.haroid.io/go-generate/
https://qiita.com/vvakame/items/6719b3c90dfaa8220e44
これはちょっと回りくどい。go fmt が上書きなんだから、go generate も上書きでいい。
具体的に欲しいのは、MarshalJSONではなく、構造体にJSONタグを追記する機能なのだから。
つまり、
type myStruct struct {
SomeProp int
}
を
type myStruct struct {
SomeProp int `json:"someProp"`
}
に上書き、だ。上書きが怖いのならビルドディレクトリを分ければいいだけでね。

> コード生成するコードを書くための仕組みがもっと簡単になればかなり使い勝手が良くなる。
俺は go generate が別パッケージを呼び出すのが気に入らないね。
とはいえ、自動生成用のコードなんてその場に埋め込まれても困るのも事実だが。
しかしjsonの部分は明らかに糞なんだし、公式で以下のとか用意しとけよなマジで。

元ソース
type myStruct struct { //go:maintain jsonTag -type=lowerCamel
SomeProp int
}
を、
type myStruct struct { //go:maintain jsonTag -type=lowerCamel
SomeProp int `json:"someProp"`
}
にビルドの度に自動的に maintain する、とか。