文字コード周りに問題がなければ
PHPで出力したHTMLのソースを表示してみてオリジナルのHTMLと対比してみては？
エスケープミスでタグが閉じられてない状態で出力されてるとかそんなレベルかもしれない
サーバ側で関連ヘッダーを出力しちゃってる可能性もあるので
理解出来るならブラウザの開発者ツール使ってHTTPヘッダの中身チェックするといい

なんにせよ再現できる全体ソースが出ないことには答えようがない