>>230
せっかくなので分かったことを報告。
SSI にせよ PHP の virtual にせよ apache のサブリクエストが発行される場合、元リクエストとサブリクエストのPHPのインスタンスは同一のものが使い回されるらしく、グローバル変数なんかは共通されるらしい。
恐らく define や include、出力バッファなんかも共有されてると思う。
それでいろいろ思いもよらない挙動を示すっぽい。

ということが分かったので、適当に回避した。
apacheの設定によるところもあるかもしれないけど、そこまで検証してない。