どちらかと言えば、送信したサーバー側にあると思うよ。
ヘッダをMIMEエンコードしてないとか、
本文をJISと宣言しておいてSJISとか良く見る。
作る側が理解してない。

それを受信すらメールソフトが何とか正しく表示しようと努力して、
それでもダメだった場合に化ける。

あと稀に、ソースからしてそもそも化けてるという
バカが書いたメールもあるw