[[0], [1, 1, 1], [0, 0, 0], [1], [0, 0], [1, 1]]
>>326 の結果から、以下を付け足して、分離する

zeros, ones = ary.partition { |group| group.include?(0) }

p zeros
p ones

結果
[[0], [0, 0, 0], [0, 0]]
[[1, 1, 1], [1], [1, 1]]