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そのやり方だと100文字目毎に改行が挿入されるのでなく
100文字目毎に1文字分のデータが改行に上書きされていくよ

文字列に読み込んだあと、
結果を100文字ごとにリストresultに追加していって、あとで'\n'.join(result)して連結したらいいんじゃないかな

src = ファイル読み込む
result =[]
for i in range(0, len(src), 100):
....result.append(src[i:i+100])
final = '\n'.join(result)

src[i:i+100]のところは、最後にout of range エラー出ないように微修正が必要かも。