あー、ちょっと違います。

・ディレクトリごとに異なるtslint.jsonを使用したい
・それぞれのディレクトリにtslint.jsonを置けば一応実現できるけど、同じ設定を使いたいディレクトリもある

両方を実現する方法はないってことですかね。