まだ学生なのでそんなに本にお金かけたりできないんですけど
もしお勧めの本があったら紹介していただけませんか？

パッケージを作るときにフォルダ構成をあわせるのは知ってましたが
a/A.java の構成はそうなってる

他の人が作ったパッケージ宣言されてないソースを使うときに
トップディレクトリに展開しないとjarにはできないとは思わなかったので…

ディレクトリとパッケージを合わせることが自然なことは本にかかれてるかもしれませんが
他に方法がないというのはそう自明なことではないと思います