>>270
わかった。
> try { Thread.sleep(2000); } catch(Exception e) {}
> //データ更新
> stage.show();
とは全然関係ないのな。

自分で言ってる以下のループの中身を...
>while() {
>　// 音声ラインから一定サイズよみこみ
>// フーリエ変換
>　// グラフ表示更新
>}
javafx.animationでやればいい。
これでも読んどけ。
ttps://docs.oracle.com/javase/jp/8/javafx/visual-effects-tutorial/animations.htm#JFXTE149
ttps://docs.oracle.com/javase/jp/8/javafx/user-interface-tutorial/bar-chart.htm

>>271
ファントム参照の中身をルートから辿れるところに
参照させればリークできるけど本当に開放する手段ないぞ。