JVMは環境ごとに用意されてるから、その部分で対応してるんでしょう
わかってると思うが当然標準ライブラリとして提供してるAPI自体は環境に依存してない

まぁ internal なコードに環境による場合分けくらいは書いてあるかもしれんけど、
JVMにはその環境用のコードさえあればいいから、全環境のネイティブコードは必要ない