別に普通でしょ。例えば、アプリのローカルフォルダにある設定ファイルは基本アプリの1インスタンスにのみ有効であるべきで、アプリ起動時に設定ファイルを書き込み権限でオープンして他は読み取りのみにしておけば、二重起動防げるし。
むしろ、設定ファイルを他から勝手に変更されないようにそうすべきであるし。

フォルダ変えれれば厳密な二重起動は防げんけど。