仮想マシンに焦点を絞るなら、ハードウェアの差異を吸収する為では
(.netはJavaVMほどあちこちに移植されてないというだけで)

ILに関して言えば、複数の言語(C#、VB.net、F#、他)を共通のフレームワーク上で動かせる様にする為