質問者ですが、こんなに荒れてしまうとは、、、申し訳ない。

おっしゃるように通常のWindowsフォームアプリならSettingsがデザイナで設定できるし楽なんですが、
ファイルの格納先がローカル(Roamingだったかな？)になるのでUSBメモリなどに持ち運んで使うポータブルアプリとしては採用できないというところでの質問でした。

特に設定ファイルの可読性を求めないようであれば、
形式としては古いが追加ライブラリ不要のXMLか、
スタンダードな形式だが別途追加ライブラリ必要なJSONか、
好きな方を選べって感じですかね。。