Ant, Maven とか、Java系は、XML。
Android 画面の設定ファイルとか

Windows でも、XAML で画面設定する

プロジェクトの設定ファイルも

JSON を設定ファイルに使うのは、JavaScript を使ったもの。
例えば、Node.js を含んだ、VS Code

他には、プログラミング言語自体が設定ファイルになるもの。
Ruby, Groovy, Haxe