おそらく~/.bash_profileをいじってないか、source ~/.bash_profileを行っていないのが原因だろう
~/.bash_profileの中身を
export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/shims:$PATH"
eval "$(pyenv init -)"
と書き換えてsource ~/.bash_profileを実行してみよう