普通に>>551が無知なだけだと思う
.NETのexeファイルはただの実行形式ファイルだけでなくdllなどの別ファイルを含む場合がある
ILMergeなどでファイル統合するのが有名
さらにxmlやjsonなどの設定ファイルをも統合することを意味して設定を埋め込むと表現したレスがそもそもの発端
厳密な意味での設定ファイルではなく単なるパラメータリストをソースコード本体から分離しただけのもの
ただし解釈によってどうとでも判断できるので人によって判断が分かれて論争になりがちなのがこの話題の特徴